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非接觸聚能式超聲波DNA打斷儀XM-26A做細(xì)胞DNA片段化實(shí)驗(yàn)

  現(xiàn)在的高通量測(cè)序平臺(tái)(主要是illumina)在直接測(cè)序時(shí)只能測(cè)出200bp長(zhǎng)度的序列,因此建庫(kù)方案是將DNA片段化為200bp,然后深度測(cè)序后,最后將序列拼接。我公司自主研發(fā)的非接觸聚能式超聲波DNA打斷儀可以在不接觸樣品的情況下隔著EP管將細(xì)胞DNA鏈至打斷至200bp或是更小。

  實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?/strong> 將收集的細(xì)胞DNA片段化

  實(shí)驗(yàn)樣品: 鼠源乳腺癌4T1細(xì)胞

  實(shí)驗(yàn)儀器:非接觸聚能式超聲波DNA打斷儀

  打斷條件:低溫4度,打斷20s,間隔3s

  實(shí)驗(yàn)步驟:

  1. 取1皿細(xì)胞(10 cm平皿),加入37%甲醛,使得甲醛的終濃度為1%。

  2. 37℃孵育10 min。

  3. 終止交聯(lián):加甘氨酸至終濃度為0.125 M。450 ul 2.5 M甘氨酸于平皿中?;靹蚝螅谑覝叵路胖? min即可。

  4. 棄培養(yǎng)基,用冰冷的PBS清洗細(xì)胞2次。

  5. 細(xì)胞刮刀收集細(xì)胞于15 ml離心管中(PBS依次為5 ml,3 ml和3 ml)。預(yù)冷后2 000 rpm 5 min收集細(xì)胞。

  6. 倒去上清。按照細(xì)胞量,加入一定體積的SDS Lysis Buffer。再加入蛋白酶抑制劑復(fù)合物。

  7.將低溫循環(huán)水槽開啟降溫至0℃

  8.將程序調(diào)制循環(huán)模式,超聲20秒停3秒,總時(shí)間設(shè)置40分鐘

  9.啟動(dòng)機(jī)器至超聲結(jié)束

  10.加解交聯(lián)試劑65℃過夜解交聯(lián)

  11.將超聲過的樣品提DNA片段

  12.1.5%瓊脂糖凝膠電泳

  13.拍照

  超聲后提取DNA跑焦后的效果圖

小美非接觸超聲波DNA打斷儀實(shí)現(xiàn)全血基因組的高效打斷|測(cè)試報(bào)告
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